وسنة 1840 ميلادية استرجعتها الدولة العلية من إبراهيم باشا بعد عدة حروب وقد أتحدت مع الدولة العلية على رفع الحكومة المصرية دول أوروبية . وسنة 1851 ميلادية جرى في هذه المدينة بعض أسباب جعلت سببا للحرب العظيمة التي جرت بين الدولة العلية والمسكوب وذلك أنه كان يوجد اختلافات مزمنة بين الروم واللاتين بسبب كنيسة القيامة وبعض الأماكن المقدسة فكانت كلّ من الطائفتين تدعى لذاتها حق الرياسة والتقدم على الأخرى باستلام مفاتيحها وإذ كانت روسيا قد جعلت الشرق مطمح نظرها استغنمت هذه الفرصة لمحاربة الدولة العلية فأشهرت الحرب المعروفة بحرب القرم . وبعد أن استرجعت الدولة العلية سورية من الحكومة المصرية سنة 1840 ميلادية كانت تارة تجعل القدس تابعة لايالة صيدا وطورا تجعل المتصرفية مرتبطة رأسا بالباب العالي وكان كثيرون من أصحاب الدعاوى التي لا تحل حلّا موافقا يستأنفونها إلى بيروت التي صارت مركزا لايالة صيدا بعد سنة 1860 ميلادية أقام الباب العالي واليا في دمشق وصارت القدس متصرفية تابعة لولاية سورية التي مركزها الشام فإنها كانت لواء كلواء بيروت وله متصرف وبعد سنة 1870 ميلادية تعلقت رأسا بالباب العالي . وسنة 1873 ميلادية صدر أمر من الباب العالي بإرسال كيرللس بطريرك الروم الأرثوذكس من القدس إلى الأستانة العلية تحت الحفظ وسبب ذلك هو انه عندما دعى إلى الأستانة للمباحثة مع البطريرك المسكونى